Markus Hinterhäuser va néixer a La Spezia (Itàlia). Va estudiar piano a la Universität für Musik und darstellende Kunst de Viena i a la Universität Mozarteum de Salzburg. Com a pianista, ha actuat com a solista i com a músic de cambra en festivals de renom internacional i a les principals sales de concerts del món, com el Carnegie Hall, el Musikverein i el Konzerthaus de Viena, el Festival de Salzburg, el Festival de Lucerna, els Berliner Festspiele , entre d'altres. En el camp de la interpretació de lied, destaca especialment la seva col·laboració de llarga durada amb Brigitte Fassbaender. Des del 2014, Markus Hinterhäuser i el baríton Matthias Goerne han interpretat el cicle de lieder Winterreise de Franz Schubert en una gira mundial, en una producció concebuda en cooperació amb William Kentridge. Ha estat director artístic del Festival de Salzburg entre el 2016 i el 2026.
